生于元世祖至元十六年，卒于元惠宗至元四年，年六十岁。（元诗选小传云：至正四年卒。此从元史本传）。其祖宗系雍古部（蒙古汪古都部，今内蒙集宁附近）人，先世为雍古部贵族，聂思脱里派（基督教中国景教派）信徒。高祖锡里吉思是金代凤翔兵马判官，为国捐躯，死后封恒州刺史，子孙按照以官为姓的惯例改姓马。曾祖月合乃，随从元世祖忽必烈攻宋，留居开封，累官礼部尚书。父润，同知漳州总管府事，移居光州，任光州监军。
马祖常，在7岁时，就知道求学，得到点钱就用来买书。10岁时，烛火引起失火，引燃房屋，但他不慌乱，频频取水灭火。大伙议论纷纷，都认为不一般。长大后，他笃实求学，由蜀中儒学家张摐传授
