绍兴四年(1134年),迁驾部郎官。是年春,苏、湖地震,旱魃为虐,百姓流离失所,而朝廷又无力安抚,洪应诏进疏,其言击中朝廷纪纲之失,终为奸相秦桧等人所憎。未几,起知广德军(安徽)。赴任伊始,救荒革弊,率百姓建坡凿塘600余处。自此,旱情顿缓,百姓对其备加称赞。其后,洪擢提江东刑狱,知真州。在任时,为陈旉《农书》作后序。时真州为宋、金交兵冲要之地,疮痍满目,百业皆废。洪兴祖数次请奏减免民租,招抚难民,并动员百姓垦辟荒地7万余亩,以济灾苦,洪兴祖此举,遭同朝怨属嫉恨。不久,他便徙知饶州。
绍兴二十四年(1154年),洪因为已故龙图阁学士程瑀《论语解》撰序,不意序言多涉怨