陈恭尹“修髯伟貌,气局深沉”,其父陈邦彦为明末岭南抗清主力,与陈子壮、张家玉一起,被尊为“岭南三忠”。隆武二年(1646)清军陷广州,其父陈邦彦举兵抗清,兵败被俘,被清军寸磔于市,全家除陈恭尹侥幸逃走外均同时遇难。丧亲之痛,延续到陈恭尹晚年,仍无法释怀。他晚号“独漉子”,取自古乐府:“独漉独漉,水深泥触。……父冤不报,欲活何为!”南明时,陈恭尹进朝泣陈其父为国殉难情状,永历帝授以世袭锦衣卫指挥佥事之职。
其父陈邦彦是明末清初广东抗清斗争的发起人之一,也是一位享有声誉的宿儒。他自小受父亲的思想影响颇深,并在父亲的指教下攻读诗书,擅长写诗作赋。永历元年(1647),他的