沈自晋的曲学理论主要集中在《南词新谱》中。他在客观看待新声丽词前提下,辩证地看到:考古可以备法析疑;从今可以传调广教,两者相济方能增强戏曲艺术的生命力。所以沈自晋在修订增补《南九宫十三调曲谱》的过程中于谨守家法的同时,与时俱进,广辑新声丽词,努力将格律声腔、才情美藻各自独胜合为两者同时兼擅的双美。
从《重定南词全谱凡例》中可以看出:遵旧式、禀先程、重原词、参增注、严律韵、慎更删等原则侧重体现了沈自晋谨守词隐先生矩矱,在宫调格律的标注、体式的总结分析和例曲的选择上多遵从原谱,在客观求实的基础上进行修订增补,以期新谱更加精准详细、简便直捷,而不为虚华炫目。特别在“严律沈自晋字伯明,号西来,又号长康,晚号鞠通生,江苏吴江人。弱冠补博士弟子员,深沉好古,旁及稗官野史,无不穷搜。沈自晋在二十岁左右的时候曾考中秀才,之后不在追求功名。明亡后,隐居吴山,与子辈作曲赋词,优游以终。
由于经历了明王朝灭亡(1644年),使得沈自晋的作品风格前后有所不同:前期多是投赠祝寿、咏物赏花、男女风情等闲适的作品,清丽典雅,明亡以后,他在散曲里反复写自己的故国之思,家园之念,发抒兴亡离乱的悲痛感伤,雄劲悲凉,风格为之大变。现存传奇作品有《翠屏山》、《望湖亭》,《奢英会》(仅存收录在《南词新谱》中的五支佚曲)。另又《广辑词隐先生南九宫十三调词谱》(简称《南