方以智是安庆府桐城县凤仪里(今桐城市区)人,出身士大夫家庭。方氏是桐城地区这一时期主要的世族。曾祖父方学渐,精通
医学、理学,并且能
学习诸子
百家,融会贯通,自成体系 ,除记录赴东林讲学的《
东游记》外,著有《易蠡》、《性善绎》、《桐夷》、《迩训》、《桐川语》等。祖父方大镇在万历年间,曾任大理寺左少卿,著有《易意》、《
诗意》、《礼说》、《永思录》、《幽忠录》等数百卷。因方学渐曾受学于泰州学派的耿定理,《
明儒学案》把他列入《泰州学案》。外祖父吴应宾,精通释儒,著有《学易全集》、《学庸释论》、《宗一圣论》、《三一斋稿》等。父亲方孔炤,万历四十四年进士,崇祯朝官至湖广巡抚,通医学、地理、军事,并且